BacDive: Weltgrößte Datenbank für bakterielle Informationen mit über 100.000 Stämmen

Die Bacterial Diversity Database (BacDive) ist die größte Wissensdatenbank für standardisierte Informationen zu Bakterien und Archaeen der Welt. Die Datenbank bietet eine umfassende Ressource zur phänotypischen Vielfalt von Prokaryoten mit Daten zu Taxonomie, Morphologie, Physiologie, Kultivierung und weiteren Merkmalen.

BacDive wurde als ELIXIR Core Data Resource sowie als Global Core Biodata Resource international ausgezeichnet und ist ein zentraler Bestandteil der DSMZ Digital Diversity-Plattform des Leibniz-Instituts DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH in Braunschweig. Mit der aktuellen Version 2025 erreicht BacDive einen besonderen Meilenstein: Die Datenbank enthält jetzt Informationen zu mehr als 100.000 Stämmen.

Über 100.000 Stämme in der Datenbank

Als BacDive 2012 erstmals veröffentlicht wurde, umfasste die Datenbank 17.335 Stämme aus der bakteriellen Sammlung des Leibniz-Instituts DSMZ, ergänzt um Informationen zu Taxonomie, Morphologie, Physiologie und Herkunft aus internen Sammlungsunterlagen.

Seitdem wurden Jahr für Jahr neue Stämme und Daten hinzugefügt - nicht nur aus der DSMZ, sondern auch aus anderen wissenschaftlich anerkannten Quellen wie Fachliteratur (insbesondere Erstbeschreibungen neuer Arten), internen Unterlagen weiterer Bioressourcensammlungen (u. a. der Culture Collection der Universität Göteborg und der Culture Collection des Institut Pasteur), privaten Stammsammlungen, anderen Datenbanken und weiteren Quellen. Für die aktuelle Version wurden neue Stammdaten der DSMZ sowie Informationen zu Typstämmen neu beschriebener Arten aus der LPSN-Datenbank integriert. Damit enthält BacDive aktuell Daten zu insgesamt 100.866 Stämmen.

Neues Design und Premiere des Genombrowsers

Mit der aktuellen Version erhält BacDive ein modernes Erscheinungsbild. Die neue Website, die in den letzten sechs Monaten in der Beta-Phase getestet wurde, folgt dem gemeinsamen Design der DSMZ Digital Diversity Plattform und bietet eine intuitive Navigation sowie klar strukturierte Detailseiten zu den einzelnen Stämmen. Gleichzeitig geht BacDive einen wichtigen Schritt in die Genomik: Erstmals wird mit dem Genombrowser eine Funktion eingeführt, die genomische Informationen direkt in der Datenbank visualisiert.

Als Datenbank für phänotypische und Herkunftsdaten zeigte BacDive bisher lediglich die Accession Numbers der Sequenzen und Links zu Sequenzdatenbanken an. Jetzt werden erstmals auch genomische Annotationen dargestellt: Der Genombrowser listet und visualisiert Bakta-Annotationen von INSDC-Genom-Assemblies. Nutzer können durch das annotierte Genom navigieren, nach Genmerkmalen suchen und detaillierte Informationen zu diesen abrufen.

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Quelle: Leibniz-Institut DSMZ GmbH