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12.08.2022

30.07.2021

KIMMDY - Ein hybrider Ansatz für die Simulation der Molekulardynamik

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Der Code KIMMDY (Kinetic Monte Carlo / Molecular Dynamics) ermöglicht kovalente Bindungsbrüche in atombasierten Molekulardynamik (MD) Simulationen.

Die Bindungsbruchraten basieren auf der Berechnung der interatomaren Abstände aus den MD Simulationen, die als Input für einen kinetischen Monte-Carlo Schritt dienen.

Dieser hybride Ansatz schlägt die Brücke zwischen den Zeitskalen von MD und den Bruchprozessen und ermöglicht damit die Untersuchung von Bindungsbrüchen in großen molekularen Systemen wie dem Strukturprotein Kollagen.

KIMMDY wurde in der Molecular Biomechanics (MBM) Gruppe am HITS entwickelt. Der Code und einige Beispiele sind auf GitHub verfügbar.

» Originalpublikation

» Code und Beispiele

Quelle: Heidelberger Institut für Theoretische Studien gGmbH